Жанр игры производителем определяется как «Survival-FPS» с элементами RPG: подразумевается, наряду с элементами обычного шутера, наличие перманентно враждебной по отношению к игроку окружающей среды, что, соответственно, должно существенно усложнять условия выживания. Кроме того, для достижения финала игрок должен выполнять различные задания, хотя это предоставляет ему определённую свободу выбора.

Сюжет
Действие происходит в альтернативной реальности, где в 2008 году произошёл второй взрыв на территории печально известной Чернобыльской атомной электростанции. Этот взрыв ознаменовал появление так называемой «зоны», места, внутри которого появляются разнообразные аномальные явления, например, разнонаправленные гравитационные потоки силой более 100G. Сама история второго взрыва на бывшей ЧАЭС окутана мраком, и, желая расследовать эту ситуацию, правительство Украины посылает в Чернобыль войска. Однако их действия на территории зоны заканчиваются провалом.
В связи с провалом экспериментов, территория зоны была ограждена, построены блокпосты на главных точках подхода в Зону. Зона стала крайне охраняемым объектом.

Рассвет в Зоне
Спустя некоторое время, с территории Зоны начинает приходить информация о мутировавших животных, о продуктах аномалий — так называемых артефактах, которые в прошлом являлись какими-либо привычными предметами. Попадая в аномалию, предметы приобретают уникальные свойства, например если несколько человек попадают в аномалию «мясорубка», из их тел получаются артефакты «Ломоть мяса», «Душа», которые поднимают у людей уровень регенерации клеток. Однако новые клетки более молоды, и сильнее подвержены влиянию внешней среды.
Многие сорвиголовы, желая быстро заработать, начали проникать на территорию «зоны», дабы добыть ценный артефакт и продать его учёным.

Спустя год, на территории Зоны появились люди, на руках которых были татуировки в виде аббревиатуры «S.T.A.L.K.E.R.». Как правило, это были люди, начавшие «жить» в Зоне. Вскоре всех, кто рвался в Зону, начали называть сталкерами (что-то среднее между мародёром и гидом).

Итак, 2012 год. Главный герой — чудом уцелевший сталкер из «грузовика смерти» (используются для вывоза из центра зоны тел погибших сталкеров; такой грузовик обладает радиационным фоном, во много раз превышающим нормальные условия жизнедеятельности человека). К сожалению, он полностью потерял память, а единственная зацепка — запись в КПК: «Убить Стрелка».

В игре существуют семь концовок. Достижение той или иной концовки определяется выбором и выполнением (либо невыполнением) различных заданий, а также некоторыми показателями игрока (количество денег, рейтинг-репутация).